Los molinos de agua, a mediados del siglo XIII, prácticamente se habían generalizado su uso para triturar los cereales y conseguir la harina y el salvado, alimentándose con ellos las personas y animales, eso muestra también el incremento de la producción agrícola. Normalmente el trabajo de los molinos solía durar desde el mes de noviembre hasta el mes de mayo o junio, dependiendo del agua que iba dejando el estiaje.
Se construían pequeñas presas para cortan el cauce, denominadas «pesqueras». Después el agua llegaba al molino por un bocín y por un canal hecho de fuertes paredes de piedra. El agua golpeaba una rueda hidráulica horizontal, la cual hacía girar, moviendo directamente un eje vertical, las ruedas de moler. El agua salía después por el «cárcabo«, dirigiéndose de nuevo al río o arroyo.
En San Juan de la Nava en el siglo XVIII, según el Catastro del Marqués de la Ensenada de 1.752, se cita la existencia de varios molinos.
Hubo al menos dos molinos en la ribera del río Alberche, hoy desaparecidos:
«Dos ruedas de molino harinero en la ribera del río que llaman Alberche y casa de los Gallegos en la que se halla otra rueda propia de Francisco Yuste, confronta con levante y por el sur en dicho río y por las demás partes en Dehesa del concejo de Navaluenga, se hala considerada cada una de las ruedas en las respuestas en las generales por útil de la temporada de verano, que muelen en cada año 8 fanegas de trigo y 26 de centeno, con que viene a componer el útil entero de dichas ruedas 16 fanegas de trigo y 52 de centeno, tiene de carga dichas ruedas 59 reales y veintidos maravedíes que se pagan por crédito de censo perpetuo, infiriendo al concejo del lugar del Verraco el que goza el señorío del dominio directo de dicho molino».
Otro desaparecido es:
«Otra rueda de molino harinero en la ribera de la Garganta y sitio que llaman Pontón de San Juan que confronta por levante con la dicha garganta y por los demás partes con tierras de dicha capellanía.* Hallase considerado útil por la temporada de invierno que es cuando muele y cesan las piedras del río Alberche, 12 fanegas de centeno y 4 fanegas de trigo y dichas propiedades las disfruta y se aprovecha de ellas el Capellán con la administración de Francisco Nieto su padre.»
Actualmente se localizan a lo largo del arroyo de la Yerma o Garganta los siguientes:
MOLINO DE SANTA YUSTA o EL GALLO:
Existía otro molino del que queda muy pocos vestigios en el lugar de El Gallo, cercano al yacimiento medieval de Santa Yusta en la ribera de la Garganta:
» …… Linar zona que llaman el Gallo, por norte confronta con antiguo canal del molino…»
Nota: * En 1.751 formaba parte de la Capellanía fundada por Juan Navarro.
MOLINO DE LEONARDO:
El molino se localiza a unos 3,1 km. de distancia lineal al S. O., del centro de la localidad de San Juan de la Nava. Este se sitúa en la Unidad Morfoestructural de los Bloques Medios y Bajos del Sistema Central y en concreto, de su Unidad Natural Homogénea del Alberche Medio-el Tiemblo. Dentro de este marco general se sitúa en el borde de la unidad natural en el fondo del valle del arroyo de la Yerma en su margen izquierda. el molino está construido aprovechado un afloramiento granítico, que es el que desvía el curso del arroyo hacia el S. E.
Coordenadas: 400 28′ 1″ y 40 38′ 59″
Altitud: 940 m.
Descripción:
El molino conserva en la actualidad restos de la casa y del cubo, así como parte del canal. la casa es rectangular de 12 x 6 m., el eje mayor orientado N., S. Está realizado con aparejo irregular de granito en seco y se cubría con teja curva sobre tejado a 2 aguas. en su lado e. donde se encuentra la puerta y a la izquierda de ésta, hay una inscripción grabada sobre el bloque de granito de 1,5 x 0’9 m, que forma parte del muro en el que se lee: «Año/1761/ se quemó 1796/ Leonardo can..»En el umbral hay un relieve de un crismón. Del canal se conservan unos 2’5 m. y está realizado con lajas de granito con argamasa en el N., mientras que al S. lo conforma un afloramiento granítico, aprovechando para su construcción y la del cubo, troncopiramidal invertido, construido con la misma técnica que la casa. La salida a través de un cárcabo adintelado.
Existen otros restos de otro molino, sólo atravesando un camino (que conduce a un puente de un arco) que le separa del anterior molino de Leonardo y también en la margen izquierda del arroyo de la Yerma .
MOLINO DE ELÍAS PERAL:
El molino se sitúa a unos 2’1 km. de distancia lineal al S.E. de San Juan de la Nava, corresponde a un fondo de valle por el que discurre el arroyo de la Yerma, en su margen derecha.
Coordenadas: 400 28′ 20″ y 40 39′ 43″
Altitud: 900 m.
Descripción:
El molino presenta restos de la casa y del cubo. Está construido con aparejo irregular de granito en seco, aunque en ciertas zonas se combina con el sillarejo con argamasa. Su planta es rectangular de 12 x 4 m. con su eje mayor orientado N.S. La esquina N.E. está levemente curvada, lo que rompe la simetría. el edificio se cubría con teja curva sobre techumbre a 2 aguas. En el interior se conservan muelas desplazadas de su lugar original y solera. 
El canal, con una orientación E.O., se conservan en una longitud aprox. de 17 m. , su anchura se acerca a 2 m. y se encuentra realizado con lajas de granito reforzadas por el exterior con aparejo irregular de pequeños y grandes bloques del mismo material, todo ello trabajado con argamasa. el cubo, rectangular, vierte sus aguas por la fachada O., saliendo éstas a través de un cárcabo adintelado de tosca cantería.
Otros vestigios de molinos harineros:
MOLINO DE TOMÁS ZAZO:
Otros 3 molinos existían en el Arroyo de la Yerma (Garganta), están muy deteriorados. en su última época se llamaron : Uno, de Tomás Zazo, situado aproximadamente en las coordenadas: 400 28′ 64″ y 40 39′ 85″.
Otro casi desaparecido en medio de los dos anteriores, (tienen nombres tomados por sus dueños); todavía los vecinos del pueblo los recuerdan y los más mayores fueron con sus cosechas de cereales para realizar la «molienda».
Aun se conservan bastantes piedras de moler, restos del hogar que habían en cada uno de ellos y los canales por los que se captaba el agua de la Garganta.
Muchas veces el agua para mover sus grandes piedras, era escasa, como contrapunto y excepción, si algunos años molían en diciembre, el dicho popular era que «convenía vender los bueyes y comprar pan«, dado que al haber tanta agua, los sembrados estarían encharcados y la futura cosecha no sería buena.
MOLINO DE «TÍO PANCHO»:
El molino más alejado de San Juan de la Nava dentro del arroyo de la Yerma, es el conocido como de «Tío Pancho». Situado más abajo del de Leonardo y el contiguo citado casi desaparecido. Los restos dan idea de haber sido un gran molino, que por hacer curva el arroyo en ese lugar, lleva el agua desde más arriba, a través de un canal, vertiéndolo en un gran estanque junto al molino propiamente dicho, el edificio del molino recibe directamente el agua de la presa por un corto bocín que vierte directamente en el «rodezno» o rueda hidráulica horizontal que aun existe entre zarzas centenarias.
Finalmente existe un molino muy reconstruido, destinado a vivienda, está situado entre los molinos de Elías Peral y el de Leonardo, en un recodo de la garganta y en su margen izquierda, con un gran canal. Se observa el cubo enfoscado de cemento. Hacia el sureste y en su base se encuentra un cárcabo de salida de las aguas.